案例：某市土地储备中心征用土地，经过前期开发，于2020年通过招拍挂方式将土地出让给A房地产公司。在办理土地手续时，税务机关向A房地产公司征收耕地占用税200万元，于2024年该公司发现耕地占用税不应当由其缴纳，要求税务机关退还已缴纳的耕地占用税。但税务机关不予退还，其理由是：即便是纳税主体错误，但缴纳的税款已超过三年，因此不得申请退还。税务机关的理由是否成立？

首先，在耕地占用税纳税人上，《中华人民共和国耕地占用税法》第二条明确规定，在中华人民共和国境内占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设的单位和个人，是耕地占用税的纳税人。在实践中，纳税人具体可分为三类：一是经批准占用耕地的，为农用地转用审批文件中标明的建设用地人；二是农用地转用审批文件中未标明建设用地人的，为用地申请人；三是未经批准占用耕地的，为实际用地人。所以，判断某单位或个人是不是纳税人，需要结合其农用地转用审批文件确定。实务中常见的问题是，房地产开发公司通过政府“招拍挂”方式取得土地后，又去申报缴纳耕地占用税。其实按照政策规定，“招拍挂”土地如果是由耕地转化而来，应该由用地申请人，也就是同级土地储备中心申报缴纳耕地占用税，且应该将该税款包含在土地出让金中。此外，房地产开发公司通过“招拍挂”方式取得的土地，性质属于建设用地，而不是耕地，无需缴纳耕地占用税。因此，税务机关向A房地产公司征收耕地占用税，属于纳税主体认定错误。

其次，缴纳税款超过三年是否应当退还的问题。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。本案中，A房地产公司发现不应当缴纳的税款自结算缴纳税款之日起，虽然是超过了三年的时间，但根据征管法的规定，缴纳税款超过三年不予退还的前提是纳税义务人，也就是说，如果税法规定的耕地占用税纳税人是A房地产公司，而A房地产公司多缴了耕地占用税已超过三年，则不能申请退税。但在本案中，A房地产公司根本就不是耕地占用税的纳税义务人，税务机关存在征税主体认定错误，由此A房地产公司缴纳的耕地占用税与税务机关形成民事行为，应当不受《税收征收管理法》的约束，应遵循民法的相关规定。

根据《中华人民共和国民法典》第188条规定 ：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”因而，在一般情况下，民事权利受到侵害的权利人请求人民法院予以保护的诉讼时效期间为3年。诉讼时效期间从当事人知道或者应当知道权利被侵害时起计算。因此，A房地产公司自发现其不是耕地占用税纳税人，应当自知道权利被侵害时起三年内可以向税务机关申请退税，不予退税的，可以向税务机关申请行政复议，对复议决定不服的，向法院提起讼诉。

黄 时 光 -注册会计师、注册税务师、中级会计师，精通企业会计准则及税法，企业内控管理，国企合规性审计；擅长企业财税风险诊断，财税培训，税收筹划，涉税鉴证等。

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